1.会计与税收计量确认的差异。会计与税收计量确认的差异最终都体现为会计利润与应纳税所得额之间的差异。注册会计师在所得税审计过程中应注意以下问题：
（1）在我们国家，会计报表审计和所得税代理分离的现象十分普遍。诸如A会计师事务所做审计，B会计师事务所做税务代理的案例不在少数。在会计与税收计量和确认差异日益增大的情况下，离开会计报表审计的所得税代理很难想象会是个怎么样子。
（2）会计标准变动的速度远远比税收规范的出台要快。会计标准变了，税收标准没有变，对这种由于标准的滞后性和不配套性引起的问题，注册会计师在审计中应有所考虑。
（3）审计确认的所得税金额与税务代理的结果存在差异是很常见的事情。笔者认为，就所得税审计而言，所得税代理报告是一种外部证据，按照审计准则的规定，所得税代理报告的利用属于利用专家的工作范畴。注册会计师可以利用所得税代理结果，也可以不利用，如果利用了，并不能减轻其应当承担的审计责任。因此，对于所得税代理报告，实行简单的“拿来主义”，是存在审计风险的。
2.所得税返还。所得税返还审计主要应当注意三个问题：
（1）与财政返还的区别。从财政获得的任何名义的返还，本质上属于财政扶持经济发展优惠政策的具体形式，不属于税收优惠政策范畴。注册会计师在审计时应分别以税务机关、财政机关的文件作为审查所得税返还和财政返还的依据。
（2）所得税返还所涉及的期间。根据国务院国发［2000］2号文件规定，除上市公司可以将所得税先征后返政策执行到2001年底外，其他企业一律不得享受所得税返还或变相返还的政策。
（3）是否存在错位返还情况。所谓错位返还是指企业集团为了某种目的，将应返还给A公司的所得税，要求税务机关返还给B公司。由于注册会计师审计的仅仅是A公司，因此，如不追加延伸审计等特殊程序，一般很难发现。
3.查补所得税。税务机关查补所得税很简单，只要补缴即可。但会计处理和审计处理却对此存在争议。争议的背景主要是：我国会计制度的规定与国际会计准则的规定存在差异；我国会计制度对所得税返还和所得税补缴这种对称的事项采用了不同的会计处理方法。笔者认为，注册会计师应结合实际情况和补交所得税金额的大小等，经过分析判断后按一贯性原则处理。
4.待抵扣所得税。对于待抵扣所得税事项，现行会计和审计标准没有提出处理或披露的要求，会计和审计实务中一般做法是不作处理。笔者认为，如果待抵扣所得税所涉及的金额不大，不作处理是合适的，但如果涉及数额较大，仍不作任何处理，是有违审计报告应当披露会计报表使用者认为比较重大事项这一原则的。因此，我们认为在财政部未明确会计处理之前，注册会计师应当建议被审计单位在会计报表附注中对大额待抵扣所得税所涉及的原因、金额以及对未来会计报表可能产生的影响作出详细披露。
5.中期所得税。对于中期所得税的审计，存在三种观点：
（1）中期所得税属于预缴性质，按企业账面数确定即可。
（2）以全年数据作为抵扣计算标准的项目可不作纳税调整；不以全年数据作为抵扣计算标准的项目则应作出纳税调整。
（3）应把中期作为全年来看待，对所有项目作出纳税调整。笔者比较赞成第二种观点，因为这种观点比较务实、好操作，可以最大限度地避免中期所得税小于年度所得税情况的出现，有利于注册会计师在审计工作中处于比较灵活的地位。
二、个人所得税审计
1.利润转增资本。利润转增资本，如果资本的拥有者是自然人，则按税法规定应缴纳个人所得税，并由企业代扣代缴。在自然人无款可扣的情况下，该如何进行处理呢？比较可行的办法是建议企业在利润转增资本的同时派发现金股利，并使得现金股利的数额等于或超过应缴的个人所得税数额，做到利润转增资本与缴纳个人所得税两不误。
2.个人所得税的代扣代缴。按现行税法规定，支付自然人所得的企业是个人所得税的法定代扣代缴义务人，但实务中也存在通过其他企业代扣代缴的情况。注册会计师如果发现这种情况，应取得代扣代缴义务转移的税务局批文，并建议被审计单位将有关事实在会计报表附注中作出披露。
3.个人所得税的披露现行会计和审计标准对个人所得税的披露均没有提出要求，实务界在是否需要披露这个问题上存在争议。
三、增值税审计
1.增值税的即征即退。增值税先征后退，按制度规定在收到时计入“补贴收入”科目，如果增值税实行的是即征即退政策，那该怎么处理呢？
实务中有两种观点：一种观点认为应该按照会计制度有关增值税先征后退的规定进行处理；另一种观点则认为即征即退其实质与免税无差别，其缴纳的税款将即时退到，这部分利益的流入不存在任何风险，因此，期末应按权责发生制预计应收的退税款。笔者倾向于第一种观点，理由是第一种观点更合法。
2.补缴。笔者认为，对于补缴的增值税，首先要看数额大小，其次要看补缴的具体原因。如果数额较大，应考虑作为重大会计差错予以更正，并相应调整以前年度的会计报表；如果数额较小，可以考虑从简，在当期会计报表中进行调整。如果是由于进项税不得抵扣而补缴增值税的，根据是否与购建固定资产有关，分别调整增加固定资产、在建工程等长期资产或主营业务成本；如果是由于少计销项税引起补缴的，则应调减主营业务收入或其他业务收入等收入类项目。
3.尚不具备抵扣条件的进项税。对于尚不具备抵扣条件的进项税应当如何进行处理呢？大多数人认为应在“应交税金”科目核算，以全面反映企业应交增值税的实际情况。
四、营业税审计
对于已经预缴的营业税，只要借记“应交税金”科目，贷记“银行存款”科目即可，然而，对于应缴未缴营业税应如何进行处理呢？笔者认为，应预缴而未预缴的营业税，属于表外事项。既然企业预缴的行为没有发生，因此，会计上就不应该也无法对此作出处理。但由于应预缴而未预缴的营业税一般数额较大，因此，注册会计师应当建议企业在会计报表附注的重要事项中全面反映这一事实，以便会计报表使用者作出正确的判断。
五、土地增值税审计
根据现行会计制度的规定，房地产企业一般采用估算的办法来确定成本。由于准确的成本无法得出，注册会计师很难审核确定企业是否应当缴纳土地增值税，以及应当按什么税率计算确定。在实际工作中，有的采取估算土地增值税的做法，有的则以无法估算为由而不予估算。但有一点是值得考虑的，就是无论是否估算，注册会计师都应建议企业在会计报表附注中说明估算或不估算的理由，以及对会计报表产生或可能产生的影响。
六、印花税审计
由于注册会计师审计属于事后审计范畴，对于事后发现的被审计单位少缴的印花税是否应作出审计调整呢？笔者认为，尽管会计制度没有考虑这种情况，但按照会计审计的一般原理，对企业少缴的印花税还是应当在“应交税金”科目补计为宜。
七、减免税审计
在税项审计中，减免税审计是十分重要的环节。注册会计师应注意：
1.检查企业是否已经取得减免税批文。
2.关注企业减免税优惠所及的期间。对于超过有效期的减免税文件，注册会计师不能作为审计证据。
3.审查企业减免税的合法性。如发现减免税缺乏合法依据（例如违法减免，越权减免等），注册会计师应考虑根据违反法规行为审计准则的规定作出审计处理。
此外，对于减免税应当计入损益还是应当计入盈余公积或资本公积的“国家扶持基金”明细科目，会计界和税务机关存在以下分歧：税务机关主张计入“国家扶持基金”明细科目，会计界则认为应当计入所属期间的损益。我们认为，减免税是国家对纳税人征税权的永久性放弃，列入盈余公积或资本公积都是有违减免税本质含义的，因此是不能接受的。比较合适的做法是，或者建议企业要求税务机关重新对文件进行修改，明确减免税由股东享有，企业可以计入当期损益；或者要求国有资产管理部门对减免税的权属进行界定。并建议企业在会计报表附注中补充说明减免税的具体会计处理。在此，笔者同时建议有关部门，尽早取消将减免税列入国家扶持基金核算这种做法。
八、欠税审计
在审计实务中，注册会计师一般比较关注余额，认为只要余额对了，资产负债表的审计工作也就算完成了。税项审计也不例外。只要企业的应交税金余额审核准确，就认为万事大吉了，而很少去关注企业的欠税情况。其实这种想法和做法都是错误的，有时甚至会招致很大的审计风险。笔者认为，对企业的欠税情况进行审核，应当纳入注册会计师税项审计的必备程序。
九、税项的核对
1.内部核对。税项内部核对的第一个层次是与各有关项目进行核对，核对的范围不但包括审前数，还应包括审计后的数据。税项内部核对的第二个层次是对税项的账面数、已审数、申报数、税款缴款凭证数进行交叉抽查核对。账面数与已审数的差额即是审计调整数，一般审计当期不会有什么问题。账面数与申报数应当一致，但很多企业往往存在差异。如果存在差异，注册会计师应当查明差异的原因，并依据独立审计准则的规定作出处理。值得一提的是，注册会计师还应当关注企业是否已将前次审计调整所涉及的税项，在下一次申报中做了相应反映。对于税款缴款凭证注册会计师主要应审核缴款人、缴款所属期间、具体的税项名称等要素，防止出现其他单位代替缴纳、有意操纵缴款所属期间、税项窜户等现象发生。
2.外部核对。外部核对的主要对象是税务机关、海关和财政机关。随着政府行政管理电子化的不断推进，信息的输出、分类和核对将更加快捷和准确，因此，向这些机关核对信息是比较恰当的审计程序。此外，与其他信息资料进行核对也不失为有效的审计程序，例如媒体、行业网站、统计年鉴以及各种研究报告等。外部核对既可以采取书面函证方式，也可以采用口头问询形式，特别重要的还可以实行上门查询做法。笔者呼吁有关部门尽早研究建立注册会计师的外部核对体系，以法律法规的形式明确有关各方所具有的核对义务，在保守企业商业秘密的前提下做到信息共享，以改善注册会计师的执业环境、提高审计质量和审计结果的社会公信力。
十、税项的披露
税项是会计报表附注的重要组成部分，税项与企业所采用的会计政策和会计估计等内容处于同等重要的地位。注册会计师应当建议企业，以有利于会计报表使用者正确理解报告期及报告期后税收政策的主要内容为前提，做到税项披露繁简得当、重点突出、要素齐全、陈述清晰。此外，对于企业披露的重大不确定的税收事项，注册会计师也应引起重视。对于这种不确定事项，如果影响税项金额超过了注册会计师确定的重要性水平，注册会计师就应当考虑出具保留意见或其他类型的审计报告。
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